Різні мікроорганізми витягують азот з матеріалів, що розкладаються, і переводять його в молекули, необхідні їм для обміну речовин. При цьому азот, що залишився, вивільняється у вигляді аміаку (NH3) або іонів амонію (NH4+). Потім інші мікроорганізми зв'язують цей азот, перетворюючи його зазвичай на форму нітратів (NO3–).