Гарбуз мускатний багатий, насамперед, вітамінами. Наприклад, вітаміну А в гарбузі 59%, бета-каротину – 84%, вітаміну С – 23%. Крім цього, хімічний склад включає вітаміни групи В, Е, К. У гарбузі мускатного також присутній ряд мінералів: магній, калій, кальцій, фосфор, сірка, мідь.