Хронічний гастроентерит у стадії загострення протікає з болем у животі, що виникає через деякий час після їжі, відрижкою, нудотою, іноді – блюванням, здуттям, бурчанням у животі, зміною частоти та консистенції стільця (як правило, він частіше разу на день, напіврідкий або ж ).