Для хімічної очистки використовуються нітратні очищувачі, кислоти, амоній. Для використання їх розводять у воді або засипають у вигрібну яму у чистому вигляді (спосіб застосування залежить від засобу). В результаті препарати розчиняють мул та тверді відходи, нейтралізують бактерії та запах.