Найбільш типові хвороби породи мейн-кун – патологія опорно-рухового апарату. Деякі їх передаються потомству від батьків. Спинально-м'язова атрофія – серйозна спадкова патологія, коли він гинуть клітини спинного мозку, і спостерігається м'язова слабкість.