Організми зоопланктону харчуються фітопланктоном, бактеріопланктоном, детритом або дрібнішими представниками зоопланктону.
До складу зоопланктону входять найпростіші, коловратки та ракоподібні. У прісних водоймах із найпростіших найбільш поширені саркодові, корененіжки, променевики та сонячники, інфузорії та джгутиконосці.
Серед хребетних найбільше видове розмаїття зоопланктофагів-фільтраторів припадає на риб, що включають як дрібних, але найбільш численних біомаси в Світовому океані. представників груп анчоусів і анчоусів, що світяться, так і найбільших риб — китову акулу і гігантську акулу.
Фітопланктон служить їжею зоопланктону (дрібним рачкам і коловраткам), А зоопланктон, у свою чергу, поїдають риби. Зоопланктоном харчуються мальки багатьох риб, а деякі види, наприклад сиги, споживають його і в дорослому стані.